Работа хирургического отделения в Обереге построена по принципам, заимствованным в медицине человека и в современных ветеринарных клиниках. Хирургические операции проводятся только по решению врача, по предварительной записи, после предварительного обследования пациента. Исключение составляют животные, требующие неотложного хирургического вмешательства по жизненным показаниям (например, при завороте желудка, проникающих ранениях грудной или брюшной полости, внутренних кровотечениях) – их оперируют экстренно.
В операционном блоке работает операционная бригада: хирург, анестезиолог, операционная сестра, ассистент.
В начале операционного дня пациенты попадают на предоперационный осмотр к хирургу и анестезиологу, владельцы беседуют с врачом об операции, её возможных рисках и прогнозах, оформляют все необходимые информированные согласия, а пациенты помещаются в предоперационный стационар. Владельцы забирают своего любимого питомца домой тогда, когда ему станет не нужен квалифицированный врачебный уход.